Образовательная деятельность в университете организована в соответствии с требованиями государственных образовательных стандартов Кыргызской Республики, а также основными положениями Болонского соглашения. Тем самым создаются условия для интеграции университета в единое образовательное пространство стран СНГ и дальнего зарубежья.
В университете реализуется многоуровневая система высшего образования:
Образовательная деятельность в университете ведется согласно действующим лицензиям КР.
В настоящее время ведется подготовка по 14 направлениям бакалавриата, 7 направлениям магистратуры, и по 2 направлениям PhD.
В университете действует Высшая школа государственного и общественного управления (ВШГОУ), где реализуется программы дополнительного профессионального образования, повышения профессиональной квалификации, педагогического, психологического и методологического мастерства преподавателей и сотрудников МУКР, а также других вузов Кыргызстана.
В 2016 году в университете внедрена программа двойных дипломов согласно подписанным договорам и соглашениям с зарубежными партнерами Европы (Болгария, Словакия, Италия, Швейцария, Латвия, Польша, Беларусь, Россия) и Азии (Индии, Турции, Китай)
Информация об основных образовательных программах высшего образования, реализуемых в университете в соответствии с государственными образовательными стандартами третьего поколения, представлена в таблице.
| Шифр | Направление | Квалификация (степень) | Срок обучения |
| 550300 | Филологическое образование | бакалавр | 4 года |
| 530600 | Журналистика | бакалавр | 4 года |
| 580700 | Управление бизнесом | бакалавр | 4 года |
| 530300 | Психология | бакалавр | 4 года |
| 530900 | Востоковедение | бакалавр | 4 года |
| 710400 | Программная инженерия | бакалавр | 4 года |
| 530200 | Политология | бакалавр | 4 года |
| 550400 | Социально-эконом.образование | бакалавр | 4 года |
| 580800 | Управление персоналом | бакалавр | 4 года |
| 580900 | ГМУ | бакалавр | 4 года |
| 580500 | Бизнес информатика | бакалавр | 4 года |
| 580100 | Экономика | бакалавр | 4 года |
| 531600 | Теология | бакалавр | 4 года |
| 530500 | Юриспруденция | бакалавр | 4 года |
| 580100 | Экономика | магистратура | 2 года |
| 580200 | Менеджмент | магистратура | 2 года |
| 530500 | Юриспруденция | магистратура | 2 года |
| 710100 | Информатика и вычислительная техника | магистратура | 2 года |
| 530800 | Международные отношения | магистратура | 2 года |
| 580700 | Управление бизнесом | магистратура | 2 года |
| 531100 | Лингвистика | магистратура | 2 года |